Covid-19: éviterons-nous une quatrième vague?

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«Possible mais différente», selon Jean-François Delfraissy, président du Conseil scientifique; inéluctable et «assez importante», selon Martin Blachier, consultant; une quatrième vague du Covid à l’automne est dans les esprits, malgré un été qui s’annonce assez calme. En effet, selon toute vraisemblance, les mois de juillet-août devraient être relativement sereins dans une bonne partie de l’Europe continentale, au vu de l’évolution épidémiologique observée depuis plusieurs semaines.

Selon CovidTracker, le taux de positivité était en France de 1,07% le 19 juin (il était à 15% début novembre 2020). Et, selon nos prévisions, le nombre de nouveaux cas se serait établi au-dessous de 1.500 le 22 juin, et passerait sous la barre des 1.000 cas quotidiens d’ici une semaine (contre 45.000 début novembre 2020), avec le même taux de reproduction effectif (Re) qu’aujourd’hui.

Le Re est voisin de 0,65 actuellement, et au-dessous de 1 dans tous les pays d’Europe excepté le Portugal, le Royaume-Uni et la Russie (sous la valeur 1, l’épidémie est en régression exponentielle). Pour illustrer l’importance d’une telle valeur du Re, lorsqu’il est inférieur à 0,70, le nombre de cas quotidiens est diminué de moitié en une seule semaine!

La situation n’est pas entièrement comparable à celle de l’année dernière à la même époque, du fait de la vaccination (avec près de 50% de Français ayant reçu au moins une dose le 22 juin), d’une meilleure (mais toujours pas optimale) prise en compte de la transmission par aérosols, d’un certain niveau de séquençage du génome complet des virus détectés, et d’une optimisation des délais de résultats des tests virologiques.

Parmi les zones d’ombre et d’incertitude qui pourraient, selon l’évolution, constituer une menace, il y a bien sûr la question de la vaccination de l’ensemble des personnes fragiles et isolées, qui n’est pas achevée, mais aussi l’émergence du variant Delta (que l’on appelait auparavant variant «indien»). Celui-ci remporte toutes les compétitions contre ses prédécesseurs, y compris contre le variant Alpha (ex-variant «anglais»), qui avait réussi à dominer la plupart des tournois internationaux depuis décembre dernier.

Ce variant Delta apparaît aujourd’hui comme autrement plus transmissible et possiblement plus virulent que ses prédécesseurs. Il tend à tirer le taux de reproduction Re vers le haut, tant au Royaume-Uni qu’au Portugal et en Russie, compliquant singulièrement les dernières étapes de leurs déconfinements prévus à l’approche de l’été. Ce variant est désormais en passe d’être dominant dans le monde, a estimé vendredi 18 juin Soumya Swaminathan, directrice scientifique à l’OMS lors d’un point presse à Genève.

Si nous souhaitons faire preuve d’une extrême prudence vis-à-vis des prophéties –nous estimons qu’il est extrêmement difficile de nous projeter au-delà d’une courte semaine–, nous nous proposons d’analyser ici les mesures prises par le gouvernement français pour espérer «traquer» le virus, pour reprendre l’expression du ministre de la Santé, Olivier Véran, dans le JDD du 20 juin 2021: «Ce n’est plus le virus qui nous traque, mais nous qui traquons le virus.»

À l’État de jouer

Aujourd’hui, alors que la France se déconfine et lève progressivement les contraintes sanitaires individuelles comme le port du masque en extérieur et le couvre-feu, il doit s’opérer un véritable transfert de compétences des citoyens vers les autorités de santé. Ce n’est plus à la population, mais bien aux instances d’assurer et d’assumer désormais pleinement leurs responsabilités en matière de contrôle de l’épidémie.

Quand il y avait plus de 10.000 nouvelles contaminations par jour, les autorités ne pouvaient pas «traquer le virus» efficacement, ni séquencer les virus de tous les cas positifs, ni remonter toutes les chaînes de contaminations. Les Français avaient bien compris qu’il leur revenait l’essentiel de la lutte contre la pandémie: le port du masque et les gestes barrières, les mesures de confinement partiel mais strict comme le télétravail, la privation de certaines libertés comme se réunir entre amis, aller au café ou au restaurant, au cinéma ou en concert.

Avec moins de 2.000 ou 1.000 cas par jour, nous entrons dans un nouveau modèle. Les autorités peuvent reprendre la main et garantir une sécurité sanitaire aux Français, qui peuvent désormais se relâcher largement, sous certaines conditions que nous allons examiner.

Il semble qu’aujourd’hui beaucoup de modélisateurs, et les commentateurs médiatiques de la crise qui leur emboîtent le pas, aient tendance à ne considérer dans leurs projections que la levée des seules mesures individuelles, sans prendre suffisamment en compte le rôle de l’État et des autorités de santé, qui désormais va se substituer à celui assuré par la population pour lui permettre de prendre des vacances enfin déconfinées.

Car le rôle des autorités de santé est absolument central dès lors qu’il s’agit de limiter la circulation du virus, c’est-à-dire de mener à bien une stratégie de suppression efficace, rôle qu’elles n’ont pas pu ni su prendre –partout en Europe– l’an dernier à la même époque. En effet, compte tenu de la faible circulation du virus dans quasiment toute l’Europe continentale, et de l’avancement de la vaccination, il devient possible et souhaitable de mettre en œuvre une stratégie de suppression (c’est-à-dire de maintien d’une circulation très faible du virus), avec un objectif de zéro Covid.

Plusieurs personnes patientent au centre de vaccination de Saint-Maur-des-Fossés (Île-de-France), en mai 2021. | Bertrand Guay / AFP

On peut se réjouir de quelques amorces de cette mise en œuvre dans les dernières annonces en Europe. À commencer par le Royaume-Uni et le Portugal, qui décident de réagir précocement face au rebond préoccupant qu’ils observent sur leur territoire sans attendre d’être au bord de la saturation de leur système de santé. Puis, plus récemment, lorsque le gouvernement français nous décrit ses devoirs de vacances (autotests, rétrotracing, conditions d’isolement renforcées, séquençage plus systématique). Mais il reste beaucoup à faire pour sortir pleinement du «vivre avec», qui nous a tant coûté psychologiquement, socialement et économiquement.

Testing, tracing et isolement

Détaillons ce qui serait pour nous la réponse optimale au risque d’une quatrième vague à la rentrée. Celle-ci repose sur trois piliers essentiels. D’abord, le testing. Nous ne pouvons plus nous satisfaire de tests PCR-R simples: si l’on veut traquer le virus, il faut le séquencer. La PCR nous confirme que l’on est bien infecté par le coronavirus. Certains tests de criblage permettent de préciser si l’on a affaire à un variant déjà connu et identifié. Tout cela était très bien lorsque la France connaissait des pics de contamination. À 45.000 cas par jour, on peut dire chapeau à l’organisation logistique qui a permis de ramener 45.000 tests positifs en France en une seule journée.

Mais seule une petite fraction de séquençage était réalisée, pour des raisons de capacité limitée (entre 1.000 et 2.000 séquençages par jour). Séquencer, c’est connaître l’identité complète du virus et ses 30.000 bases d’acides nucléiques. Connaître chacune de ses mutations, analyser le génome et le classer dans le grand arbre de la famille généalogique des SARS-CoV-2. Ce n’est pas tant un exercice de chercheur, c’est davantage un travail de bénédictin.

Il faut environ deux semaines pour rendre le résultat, analysé, digéré, publié. La bonne nouvelle, c’est qu’avec 2.000 nouvelles contaminations par jour, nous avons désormais la capacité en France de séquencer les virus de tous les tests positifs répertoriés sur le territoire. Ce n’est même pas totalement nécessaire d’avoir une telle capacité car, lorsque la PCR est positive, il faut un niveau de cycles de PCR inférieur à certain seuil pour espérer avoir assez de matériel génétique pour pouvoir séquencer le génome complet du virus.

Pourquoi est-il si important de séquencer massivement le virus? Nous allons voir par des exemples ci-dessous, que cette épidémiologie moléculaire permet d’éclairer l’action publique en mettant à jour la liste des pays exportateurs de variants. Le séquençage systématique permet aussi de découvrir et identifier de nouveaux variants que l’on a l’impression de revoir trop souvent sur le territoire, et qui deviennent source de préoccupation. Cela permet enfin de reconstituer l’ensemble des chaînes de contaminations lorsque l’investigation épidémiologique n’y parvient pas totalement. C’est donc un outil crucial, qui a été trop longtemps négligé par les pouvoirs publics en Europe continentale. Là encore, il faut s’inspirer des champions: les Australiens sont les rois en la matière.

Côté testing, on allait presque oublier d’évoquer l’annonce de la distribution d’autotests sur les lieux de villégiature et de détente estivale. Les esprits chagrins craindront que des autotests faussement négatifs, du fait de la méthode de prélèvement et d’une sensibilité moindre, donnent une illusion de sécurité. Certes, rappelons-le, un autotest négatif, s’il est source d’une réassurance bienvenue, est loin d’être un totem d’immunité. Seul l’autotest positif a réellement une valeur prédictive sûre, même si le résultat devra nécessairement être confirmé par un test PCR (et désormais un séquençage).

Néanmoins, saluons l’approche participative choisie par le gouvernement ici. Il est grand temps de favoriser la participation dans la gestion du risque. Quel enfant, adolescent, ou conjoint ira embrasser ses grands-parents, partenaires ou copains après s’être autotesté positif? Les tests sont des outils hautement vertueux dans la lutte contre la pandémie! S’ils permettent de détecter des cas asymptomatiques ou paucisymptomatiques qui ne se seraient jamais présentés à la PCR sinon, alors saluons leur déploiement rapide cet été.

À l’heure actuelle, les mesures d’isolement annoncées sur le site du ministère de la Santé autorisent les personnes à sortir. C’est insuffisant!

Le second pilier est le tracing. Jusqu’à présent, seul le tracing prospectif avait été mis en place, sur la base du déclaratif et de l’application TousAntiCovid, avec là aussi ses limites. Le 17 juin, l’Assurance-maladie a annoncé que le tracing rétrospectif (dit à la japonaise) allait être généralisé d’ici mi-juillet. L’objectif est de remonter les chaînes de contaminations et de repérer les situations ponctuelles ou inhabituelles, au cours desquelles une personne, devenue par la suite positive, aurait pu contaminer d’autres personnes.

L’objectif est bien sûr de ne rien laisser passer, et de pouvoir tester et isoler toute personne contact afin d’éviter qu’elle n’en contamine d’autres pendant sa période d’incubation, ou si elle s’avère asymptomatique. Cela suppose une extrême réactivité des traceurs de l’Assurance-maladie et des ARS, une capacité de test forte couplée à un rendu de résultat rapide par les laboratoires (entre 12 à 24 heures) pour que les mesures d’isolement soient prises le plus rapidement possible. La faible circulation du virus devrait le permettre.

Le ministre de la Santé Olivier Véran en discussion avec une infirmière, lors de sa visite d’un centre de vaccination à Paris le 15 juin 2021. | Come Sittler / AFP

Le troisième pilier est l’isolement. Olivier Véran a annoncé un isolement avec des contrôles durcis pour les patients atteints par le variant Delta, avec la possibilité pour les préfets de prendre des mesures plus coercitives. D’accord, mais il est crucial de continuer à informer sur la nécessité de s’isoler dès que l’on a des symptômes évocateurs du Covid –c’est-à-dire au moindre syndrome viral, car le variant Delta se déguise souvent en simple rhume, en tout cas au début, dès lors que l’on est testé positif ou si l’on est cas contact.

À l’heure actuelle, les mesures d’isolement annoncées sur le site du ministère de la Santé autorisent les personnes à sortir dans la journée en leur conseillant de respecter les gestes barrières et éviter les heures les plus fréquentées… C’est insuffisant! Dans tous les autres pays d’Europe, quand on est à l’isolement, c’est du sérieux, on ne sort pas de chez soi pendant sept jours au moins, et après avoir effectué un test PCR devenu négatif. On nous annonce également l’activation de cellules territoriales d’appui à l’isolement, zones touristiques comprises. Celles-ci avaient déjà été annoncées précédemment, sans véritable mise en œuvre…

Comment répondre à un redémarrage de l’épidémie?

La stratégie dévoilée par le gouvernement ne nous semble cependant pas encore complète. Comment le gouvernement envisage-t-il, par exemple, de réagir si quelque part sur le territoire redémarrent des foyers difficiles à contrôler? Ne faudrait-il pas là établir un véritable contrat avec les Français? La population peut vivre déconfinée cet été, aller au bar, restaurant, cinéma et autres spectacles, recevoir chez elle, ne pas porter de masques à l’extérieur, puisque les autorités veillent au grain.

Elles testent, séquencent, tracent (rétrospectivement), isolent (efficacement). Ok, tant que tout cela fonctionne bien, que les chaînes de contaminations sont toutes démantelées, que l’on se dirige jour après jour vers de moins en moins de contaminations, vers une situation quasi à zéro cas quotidiens, tout va bien. Mais, même en Australie ou en Nouvelle-Zélande, où la population jouit d’une telle situation depuis des mois, déambule sans masque, va au bar et au restaurant, le filet laisse passer des virus, et même des variants, à travers ses fines mailles pourtant bien tendues.

Il faut s’y préparer: cela arrivera aussi en Europe, et donc en France cet été. Que fera-t-on lorsqu’une ARS, épaulée par les brigades de la CNAMTS, remontera au ministère qu’elles sont dépassées par la détection d’un foyer de nouvelles personnes contaminées qui semble avoir évolué pour son propre compte, sans que personne ne le remarque, dans une cité, un village de vacances ou un camp de réfugiés?

La réponse de nos amis performants (asiatiques ou pacifiques) est simple: ils procéderaient à des micro confinements brefs (trois à cinq jours) et locaux (un établissement, un quartier, une ville, une région). Ce délai est nécessaire à obtenir, dès lors que le développement des contaminations paraît hors de contrôle et qu’on aurait besoin de quelques jours, sans que l’épidémie ne progresse davantage, pour tirer tout cela au clair et démanteler enfin les chaînes de transmissions une fois dénouées. L’idée est d’établir un cordon sanitaire autour de ces démarrages d’incendie épidémique, afin de permettre aux autorités sanitaires de reprendre le contrôle en agissant rapidement.

Enfin, la question des frontières semble la grande absente des bonnes paroles gouvernementales pour les vacances. La solution des pays champions n’est pas très attractive, reconnaissons-le: ils ferment leur frontières à tous les voyageurs (sauf leurs propres ressortissants), le plus hermétiquement possible. Et pour leurs ressortissants, ils imposent des quarantaines strictes en hôtels dédiés. Cela règle évidemment la question de l’entrée des nouveaux variants, et c’est peut-être envisageable lorsque vous vivez sur une île en autarcie, mais dans l’Europe interconnectée, est-ce seulement réaliste?

Le Premier ministre japonais, Yoshihide Suga, a annoncé la levée de l’état d’urgence sanitaire le 20 juin à Tokyo. | Issei Kato / AFP

Certes, les biens et les marchandises ne sont pas affectés par ces embargos, mais la fermeture des frontières à tous les étrangers est une décision lourde de conséquences, et plusieurs pays asiatiques et pacifiques reconnaissent s’être un peu enfermés dans une trappe dont ils ont du mal à se sortir. Évitons donc la fermeture totale des frontières. En revanche, ce qu’il faut retenir de l’expérience australienne, néo-zélandaise, japonaise ou taïwanaise, c’est qu’il est crucial de sécuriser les frontières. Les Britanniques ont laissé entrer le variant Delta de leur diaspora indienne et, en moins de deux semaines, se sont retrouvés dans une situation hors de contrôle. Tout repart très vite, on l’a vu et constaté à plusieurs reprises durant cette pandémie. C’est entre zones vertes et zones rouges que l’on doit organiser la sécurisation des frontières, au sein de l’espace de Schengen.

Le Portugal est devenu une zone à risque? Instaurons des quarantaines strictes au retour, avec des tests PCR, et prémunissons-nous ainsi de l’arrivée de variants. Oeuvrons parallèlement à la restauration du Portugal en zone verte. La Russie et le Royaume-Uni sont des zones rouges? Ne laissons alors pas les matchs de l’Euro s’y dérouler. N’est-ce pas là la meilleure façon de disperser dans tous le continent les variants qui n’auraient pas encore atteint nos communautés?

Utilisons le séquençage comme une aide, un guide et un juge de paix pour conduire notre action aux frontières. En effet, le séquençage nous apprendra très rapidement que de nouveaux variants insoupçonnés viennent de pays que personne ne suspectait jusqu’à présent comme étant à risque. Cela permettra de les mettre de manière évolutive sur la liste rouge des pays momentanément à haut risque.

Concentrons-nous sur ces pays à haut risque, et pas sur toutes les frontières, car on sait que des virus passeront à travers les mailles du filet. Enfin, si on est un peu dépassé par un pays ou une zone qui connaît une forte flambée, peut-être qu’une fermeture temporaire de la frontière aux non-ressortissants sera nécessaire et comprise de tous. Il faut juste guider l’action sur les données en quasi temps-réel qui nous sont transmises.

N’oublier personne

Pour terminer, bien sûr, il ne faudrait pas faire la deuxième erreur (après la trappe qu’a constituée pour eux la fermeture de leurs frontières) des pays champions du zéro Covid, qui ont négligé certaines catégories de la population au début la vaccination. Nous l’avons déjà dit ici, il est nécessaire de ne pas laisser les inégalités freiner la vaccination, et une politique du «aller vers» est incontournable pour ne pas laisser de côté une partie de la population, souvent celle qui est laissée pour compte de toutes les politiques de prévention et de dépistage: les personnes défavorisées, isolées, vulnérables, handicapées, illettrées, ou immigrées.

Il est également important de sensibiliser les parents à la vaccination des adolescents. En effet, certains pourraient considérer que cela est négligeable, dans la mesure où c’est une population relativement peu à risque. Mais, c’est oublier les cas de Covid longs chez les jeunes, dont l’ampleur reste à évaluer. C’est également oublier que des adolescents contaminés, c’est aussi des risques pour leurs aînés immunosénescents, et ce sont des classes, voire des établissements fermés, peut-être cet été des colonies de vacances interrompues… Les jeunes ont déjà payé un lourd tribut au Covid, d’un point de vue scolaire et social.

Aujourd’hui, nous ne savons pas s’il y aura une quatrième vague. Mais ce que nous savons, c’est que sans mise en place d’une stratégie d’élimination visant la plus faible circulation possible, nous ne sommes pas à l’abri d’un rebond. Jamais l’enjeu pour les autorités n’aura été aussi important, car elles savent que c’est sur l’efficacité de leur politique qu’elles seront jugées. Si on n’observe aucun rebond à la rentrée ni cet hiver, ou même si le rebond saisonnier s’apparente à ce qu’ont connu les Japonais (126 millions d’habitants) ou les Taïwanais (24 millions), avec des vagues dont les pics atteignaient difficilement respectivement 6.000 et 500 cas (soit moins de 3.500 cas en France), on pourra les féliciter pour leur efficacité.

En plus, nous serons reconnaissants envers ceux qui nous auront permis de dormir sur nos deux oreilles pendant tout l’été, puisque nous savions, nous, que la veille sanitaire n’avait pas connu de répit pendant nos vacances. Si en revanche, comme les Britanniques en avril dernier avec l’Inde, ou avec le Portugal un peu après, nos autorités laissent entrer négligemment des passagers sans contrôle et sans quarantaine, séquencent occasionnellement les virus circulant sur le territoire par des flashs peu convaincants, tracent à la va-vite des fragments de chaînes de transmission qui auront continué de se faufiler parmi les estivants, laissent des pans entiers des couches sociales les plus défavorisées toujours sans vaccins –et si après cela, une terrible quatrième vague se produit, sature nos réanimations et fauche à nouveau des vies, alors là, nous serons en colère. Et ce sera compréhensible.

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